Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 897,976 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 897,976 | 0 | A | T | 100.0% | 690.7 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 897,977 | 0 | G | C | 99.7% | 673.9 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/143); minor base A (0/1); total (144/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,978 | 0 | T | A | 99.7% | 684.5 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (143/144); minor base C (1/0); total (144/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGA > CP042583/897700‑898252 ||| aaCCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGc < 1:121435/289‑1 (MQ=255) gatacgagactggagTCGGTTTTACCGAAGGGCCGGGCGGGGCGTTGGGCCACTGGGCCGCCATGCGCGATGGCAAGATTGCACTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGAtct < 2:1724304/278‑1 (MQ=255) gagTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCg > 2:1412818/1‑289 (MQ=255) agTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGt > 1:300277/1‑289 (MQ=255) 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tACCGAAGGGCCGGGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCAGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGa < 2:2097464/289‑1 (MQ=255) aCCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGCGCTGATCTCCGTGCAGGt > 1:1724304/1‑275 (MQ=255) gcgcCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGaa > 1:1998654/1‑289 (MQ=255) 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cTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGAc > 1:834940/1‑289 (MQ=255) ttGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGa < 1:1450733/289‑1 (MQ=255) aCCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGt > 1:148450/1‑289 (MQ=255) 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cAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTgc < 1:1645299/289‑1 (MQ=255) gTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCa < 1:706644/204‑1 (MQ=255) gTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCa > 2:706644/1‑204 (MQ=255) 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accaccTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGt > 1:160119/1‑289 (MQ=255) gcggggAACGCGAGGCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATGGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCGAAAGGGCGAGCGCCGGGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGAGAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 2:2187835/285‑1 (MQ=255) accaggaatgaaggCCCGCGGAGTCCAAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGACGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGGTCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCATCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 2:2019933/276‑1 (MQ=255) accTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 2:650029/289‑1 (MQ=255) cTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAgcgc < 2:1239972/263‑1 (MQ=255) cTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAg < 1:571847/260‑1 (MQ=255) 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GAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTA‑CACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGA > CP042583/897700‑898252 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |