Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 898,468 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 898,468 | 0 | A | T | 99.3% | 697.9 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/155); minor base G (1/1); total (138/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,469 | 0 | G | C | 99.7% | 684.9 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (136/156); minor base T (1/0); total (138/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,470 | 0 | C | G | 99.7% | 690.6 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (136/156); total (138/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGAGCGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACACGGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGA > CP042583/898188‑898748 ||| ggcgaggcgaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATg < 2:1936266/288‑1 (MQ=255) gaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCAc < 1:453072/288‑1 (MQ=255) aTCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGtt < 1:824630/288‑1 (MQ=255) tCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGtttt < 1:1341007/289‑1 (MQ=255) tGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTgc < 1:1757785/289‑1 (MQ=255) tttttattttggCTACTTCAGGTTAATTCCTTTCGGCGCCGGGATTGTTTTTACCGTGGTTTTGCGGATGGGGTTCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTCGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 2:1151448/279‑1 (MQ=255) gTTCTATATGGGCTACATCAGGTTATTTCCCTTCGTGGCCGTGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCGGATGCGGATCTACTGGGTTTTTGTTGGCAATCGCTACTCCCGCGTGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 1:1036604/289‑1 (MQ=255) tCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTgc > 1:1835266/1‑286 (MQ=255) cTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGAT‑TTCGTGCTTTATGATCATCACTGGTTTTgc > 2:244385/1‑285 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTAc > 1:1112644/1‑289 (MQ=255) 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ttCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTAttt > 1:373352/1‑289 (MQ=255) cgcCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 2:1613432/253‑1 (MQ=255) gcCGGGTTGGTTTTTACCGTGGTTTTGTGGATGCGGTGCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTgcg < 2:492908/288‑1 (MQ=255) 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CAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGA‑TATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGAGCGT‑CTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACACGGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGA > CP042583/898188‑898748 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |