| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 898,579 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 898,579 | 0 | A | T | 99.7% | 725.0 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 898,580 | 0 | G | C | 99.7% | 725.3 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/164); minor base T (1/0); total (140/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 898,581 | 0 | T | A | 99.3% | 726.1 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/163); minor base C (1/1); total (140/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGT‑GGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGAGCGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACACGGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGAGCGTAGTTGAGCTAAATAAGTAACAAGGAGCGTTCATGAGCGAGCAACGCGTGGTGGTCATGGGGCTGGGCAACCTGCTGTGGGCCGATGAAGGCTTCGGCGTGCGG > CP042583/898300‑898855 ||| aaTCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGT‑GGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACAtt < 2:2212595/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |