| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 901,776 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 901,776 | 0 | A | T | 99.3% | 670.1 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,777 | 0 | G | C | 99.3% | 663.9 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (148/133); total (149/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,778 | 0 | C | G | 99.3% | 657.2 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (146/134); total (149/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
AGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAATG > CP042583/901496‑902057 ||| ttCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTTTTAATGCAGGTAACATCGCAAGGCAATCGt > 2:1617900/1‑289 (MQ=255) ttCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGt > 2:145714/1‑289 (MQ=255) cTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGa < 2:389235/289‑1 (MQ=255) gAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCAtg > 1:1233718/1‑289 (MQ=255) 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AGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAATG > CP042583/901496‑902057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |