| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 902,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 902,625 | 0 | G | C | 99.6% | 636.1 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (139/133); total (140/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 902,626 | 0 | T | A | 98.9% | 637.0 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); major base A (139/130); minor base C (1/2); total (140/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GATTATGAAACATTGCGCTTCATCTGGTGGCTGCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTG‑TCTGCTGCCGCTGGT‑GGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGC‑TGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCAGTCTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACA > CP042583/902345‑902904 ||| caaTTGCTTTTCTTCGGGGGGTTGTTGA‑TGGCGTGGACCCTGTGGTCCTTTTGGTTTCCGGAGGGTTTGGCATGGGGGTCCGGTGTTCGGCTG‑CGCCGGTGGGGGGGTATTGTGGAGGAAGGCGGGTTGGTGAT‑AACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGC‑TGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCt < 2:669546/287‑1 (MQ=255) 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GATTATGAAACATTGCGCTTCATCTGGTGGCTGCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTG‑TCTGCTGCCGCTGGT‑GGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGC‑TGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCAGTCTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACA > CP042583/902345‑902904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |