| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 903,284 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 903,285 | 0 | G | C | 99.7% | 699.0 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/162); minor base A (0/1); total (131/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,286 | 0 | T | A | 99.0% | 681.4 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (127/163); total (131/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACGAAAACGAGTTGTACTAAGGAGCAGAAACAATGTGGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCG > CP042583/903004‑903565 ||| gtgGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCGCGGCAGGCATCACGCTGTTCCCATTTTTCATGCCGGCAAGCGTg > 2:835688/1‑289 (MQ=255) 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GTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACGAAAACGAGTTGTACTAAGGAGCAGAAACAATGTGGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCG > CP042583/903004‑903565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |