Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 479,249 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 479,249 | 0 | A | T | 99.6% | 622.9 / ‑5.7 | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,250 | 0 | G | C | 98.9% | 609.4 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (104/155); total (105/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,251 | 0 | C | G | 99.6% | 625.7 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (104/157); total (105/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GGAGATGCGCCGGGGCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCAGCG‑CGCTGGTGGCGATTATTAGCTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGAGCTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCATCCTGACGCCACGCTGGATAATAAAACGCGCTGGCAGGTGATCACCGATGCGTCTGTTGAAGTGGGGCCGGCGCTATTTATCAGTCTGCT > CP042583/478972‑479529 ||| ggAGATGCGCCGGGGCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCTCGG‑CGCtggtg < 1:1256807/289‑1 (MQ=255) gcgcCGGGGCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGGGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGGAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACCTACGATCGCAGCCAGCTCATTTACCGCCCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCCGGAAGAGTTATTTGTGGTGGCGGGAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGGATGTTCGC‑GCGTCGCtggtggggctt > 2:1245345/1‑284 (MQ=255) gagttGCCGAGCAGAGCGGCGAAGGGAGGGTGGCGGGGGGGGTGGTGAGCCGTCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGCTCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCTCGG‑CGCTGGTGGCGattatttcgt < 2:1901884/285‑5 (MQ=255) gCAGTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCTCGG‑CGCTGGTGGCGattatttcgt < 1:1100329/288‑5 (MQ=255) 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cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCACCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCTCGG‑CGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGa > 1:303194/1‑289 (MQ=255) cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGCGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCTCGG‑CGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGa > 2:1015649/1‑289 (MQ=255) gATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTT‑TCTCTGGCATGTGCGCTCGG‑CGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGc < 1:578657/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |