Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 910,839 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 910,839 | 0 | A | T | 99.7% | 837.7 / ‑5.0 | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (166/183); minor base C (1/0); total (167/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 910,840 | 0 | G | C | 99.7% | 829.3 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (166/183); total (167/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 910,841 | 0 | C | G | 99.7% | 827.8 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (165/183); total (167/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
ATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTAGCGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGT > CP042583/910560‑911117 ||| gTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATaa > 1:396989/1‑287 (MQ=255) aGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATaa > 1:1371758/1‑285 (MQ=255) aGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTg < 1:1521527/289‑1 (MQ=255) ggAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGt > 1:288008/1‑289 (MQ=255) gAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGCGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGtt > 1:231616/1‑289 (MQ=255) tGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTg > 1:932129/1‑288 (MQ=255) tGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGCGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTATTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCatg < 2:231616/289‑1 (MQ=255) tCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCa < 2:396989/289‑1 (MQ=255) tCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCAGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCa < 2:253539/289‑1 (MQ=255) ggCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCa < 2:920419/289‑1 (MQ=255) gCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCa < 2:1920142/288‑1 (MQ=255) gCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCa < 2:202017/288‑1 (MQ=255) cgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTg < 1:1662747/276‑1 (MQ=255) 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cccACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCgca > 2:2117967/1‑248 (MQ=255) cccACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCa > 1:1601514/1‑256 (MQ=255) cccACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCaaa > 2:1143083/1‑288 (MQ=255) 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ATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGC‑ATTTAGCGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGT > CP042583/910560‑911117 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |