Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 479,270 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 479,270 | 0 | A | T | 99.2% | 600.3 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (101/149); minor base G (1/1); total (103/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,271 | 0 | G | C | 99.2% | 593.0 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (101/150); minor base T (2/0); total (103/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,272 | 0 | C | G | 99.6% | 597.1 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (102/150); total (103/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
GCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCAGCGCGCTGGTGGCGATTATTAGCTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGAGCTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCATCCTGACGCCACGCTGGATAATAAAACGCGCTGGCAGGTGATCACCGATGCGTCTGTTGAAGTGGGGCCGGCGCTATTTATCAGTCTGCTGATTATCACGTTG > CP042583/478991‑479542 ||| gCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGc < 1:683645/289‑1 (MQ=255) gCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGc < 1:188318/289‑1 (MQ=255) gCCGAACGAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGc < 1:1127599/289‑1 (MQ=255) ggAACTAAACGGGGAAGGGGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGGGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTg < 2:1461453/288‑1 (MQ=255) cGAACTAAACGGGGAAGGGGAAGTGGGGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTg < 2:1007987/289‑1 (MQ=255) cGAACAAAACGGAGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGGGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTg < 2:1256009/289‑1 (MQ=255) aCTAGACGGCGAAGCCGAAGTGGCGGGGGGGGTGCTGATCCTGAGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGGTCGCCGACGTGAAGGACAAACTGTAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTgggg < 2:1666213/289‑1 (MQ=255) 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cgggcgggGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTCGCTGGGAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGGCTGTGCGCTGCTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGCTTATTTCGTTTCCCCGGGGGTTGGGGTTTGCTTTTATTGTCAt > 2:281029/1‑289 (MQ=255) ggcgggGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATg > 1:71267/1‑288 (MQ=255) cgggGTGGTGTCCCGGGGGTCAGGCAAAAAGACCAGAGAAGTGCTTGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGCAGTCTGCCGGACGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGTTCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTGGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCa < 2:1568234/288‑1 (MQ=255) 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gATCCGTCAAAAACGCCCGAGAACTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGTTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGc < 1:1401313/289‑1 (MQ=255) gATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGc < 2:71267/289‑1 (MQ=255) gATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGc < 1:578657/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |