| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 914,423 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 914,423 | 0 | A | T | 99.3% | 651.2 / ‑6.2 | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (148/127); minor base C (2/0); total (150/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 914,424 | 0 | G | C | 98.6% | 641.2 / ‑5.5 | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (148/126); total (150/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 914,425 | 0 | C | G | 98.9% | 646.3 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (145/128); minor base T (3/0); total (150/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATTGAGGTCATCAGCATCGATCCGGTTGTCACATCCA‑CCCATGAGTATCTGGGGCGCGAGCATGTGAAGCACATTGCGGTTAACCCGCAAACTGACGTGCCGCT > CP042583/914147‑914700 ||| ccTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTTGCGCGCGGAGTCGGCTCGATGGAAGTGGATGCAGCGCAAAccc > 2:1568148/1‑287 (MQ=255) tCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAAcctcct < 1:1712671/289‑1 (MQ=255) cgcgGTGATCACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCACTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGACAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCAGTGCTGCGCAGCTGATGCTGCCGCGCGTACTCCGTTCTAGAGAAGTGTATGACCGGTAAACCGCCTGTccc > 2:1345303/1‑287 (MQ=255) ggTGATACCCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATTAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTgg < 1:759464/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |