Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 916,208 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 916,208 | 0 | A | T | 98.6% | 670.6 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base T (153/132); total (156/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 916,209 | 0 | G | C | 99.0% | 675.6 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (155/132); total (156/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 916,210 | 0 | C | G | 99.3% | 669.5 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (154/133); total (156/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAA > CP042583/915933‑916475 ||| cggAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCa > 2:438767/3‑289 (MQ=255) cTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCa > 1:1057325/1‑289 (MQ=255) cAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGAAGGATGCCAGCGCGGGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 2:645465/288‑1 (MQ=255) acgCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 1:723697/286‑1 (MQ=255) tAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 1:426225/275‑1 (MQ=255) cGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑ca > 1:629386/1‑274 (MQ=255) cGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGa > 1:25779/1‑289 (MQ=255) cGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCGGGGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCACCGACATCGGTACATCGCACCTGGCGCAGGCGACCAGTTCG‑‑CACACTACGCtggggta > 2:1935753/1‑285 (MQ=255) agagCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTgag < 1:865562/289‑1 (MQ=255) agagCAGGTATTAATTAACCCGCAGGTTGCCAGCGGGCGGGGTATTCGTAACGGGGATGTGGTAGGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTgag < 2:867699/289‑1 (MQ=255) ccgTATTCATTACCCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTTACGGGTATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTa < 2:415066/287‑1 (MQ=255) cAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAg < 1:1000162/287‑1 (MQ=255) cAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGAAATCGGTTCATCGCAGCTGTCGCAGGCGCCAAGTGCG‑‑CACACTACGCAGGTTGGAATTgagacata > 2:262154/1‑285 (MQ=255) aGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGa < 1:2201566/251‑1 (MQ=255) aGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTAc > 1:1180165/1‑289 (MQ=255) ttAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAAc < 1:651587/289‑1 (MQ=255) cccGCAGGAGGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTg < 1:1935753/289‑1 (MQ=255) cGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGaa < 2:1198015/282‑1 (MQ=255) cAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCCGCGTGGCACGAATTCAAGAAGGGGCATGGTACGATCCAGGTAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGATGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAACGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCGGGAGGAAATTGAGAAGTAGAACGGAAAAGTGGAGc > 2:574124/1‑289 (MQ=255) cgcgcgcgGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGaaa > 1:1374545/1‑251 (MQ=255) tATTCGTAAGGGTGGTGTGGTACTCGTCTTTAACGCTGGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACgg < 2:815598/288‑1 (MQ=255) aTTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCAAGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGcc < 1:574124/289‑1 (MQ=255) aTTCCTGACGGGGATGTGGTACGCGTCTGTAACGTTCGCGGTCTGGTGTTGGCAGGGCCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGcc < 1:236111/289‑1 (MQ=255) aCGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGga < 1:485604/289‑1 (MQ=255) aCGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGga > 1:338348/1‑289 (MQ=255) ggTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCACATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACCTCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGACGTACAACGGTACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACCGCCCCggggtgg > 2:1412027/1‑286 (MQ=255) ggTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTgg < 1:1515928/196‑1 (MQ=255) ggTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgc < 2:1060392/212‑1 (MQ=255) tGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGTCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTTGAAATTGAGAAGTACAACGGACCAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTGAACGGCCCCGTGGAGCtg > 2:1402754/1‑289 (MQ=255) aTGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATACACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACGACGCTGGGGGAAATTGAGAAGTACAACGGAAACGTGGAGCAGGTTGCGGCGTTTAACGGCCCCTGGGACAtggt > 2:2025289/1‑289 (MQ=255) tACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGGGATGGTGGCGCa > 1:1267071/1‑289 (MQ=255) 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tCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAAGAGTGGAGCAGGTGACGGCGGTTAACGGCCCCGTGGCACTGGTGGGGCGCTGCGa > 2:1034874/1‑289 (MQ=255) tAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGga < 1:1679473/267‑1 (MQ=255) cgcgGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGgcgc > 1:364764/1‑271 (MQ=255) cgcgGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCa > 1:161411/1‑272 (MQ=255) gcgGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGa < 1:739297/229‑1 (MQ=255) gcgGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGga > 2:1052543/1‑259 (MQ=255) cgGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCGACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCG > 1:216867‑M1/1‑289 (MQ=255) gtTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGtcgcaggt < 2:73168‑M1/288‑9 (MQ=255) ttGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGtcgcaggtg < 1:1034591‑M1/288‑10 (MQ=255) 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GCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCG‑‑CACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAA > CP042583/915933‑916475 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |