Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 919,652 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 919,652 | 0 | A | T | 99.2% | 601.0 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 919,653 | 0 | G | C | 100.0% | 598.9 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (111/139); total (111/139) | |||||||||||
* | CP042583 | 919,654 | 0 | T | A | 99.6% | 602.2 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/139); minor base G (1/0); total (111/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GGCTCTTGTTGATACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGAGTTGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGAGCGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTAGTGATAGCATTTGCAGTTTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCAAGTATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTAGTACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATATGCTAAAAACCATTGTTATTAGTCTCACACTTTTTTATTGGTA > CP042583/919375‑919932 ||| ggCTCTTGTTGATACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGTCGGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCAt < 1:1993309/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |