| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 481,034 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 481,034 | 0 | A | T | 99.6% | 564.0 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (130/108); total (131/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 481,035 | 0 | G | C | 99.2% | 578.5 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (133/110); total (134/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 481,036 | 0 | C | G | 99.6% | 571.5 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (134/110); minor base A (0/1); total (134/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAG > CP042583/480756‑481315 ||| cgcgcCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACaa > 1:807811/1‑288 (MQ=255) cgcCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCTGCGGATTTCGTGTGGTGGTGCTGATGTACTTACGTCACGTCATAGCGGCCCTCCCGTCGTTGAATCATCCACAACCa > 2:316362/1‑289 (MQ=255) cgcCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACa > 2:392255/1‑289 (MQ=255) cgcCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTCGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGCTGCTGATGTCTTTACGTCACGCCATAGAGGCCGGGCCGTCGTTGATTAATCCACAAACa > 2:273223/1‑289 (MQ=255) 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aTGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATg < 1:735884/289‑1 (MQ=255) tGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGa < 1:1345562/289‑1 (MQ=255) ggTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGaataa < 1:1736131/255‑1 (MQ=255) cGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCa < 1:2188644/289‑1 (MQ=255) ttgttagttttCTTCGGGCTGTTGTTTCTGGCGTTCCTGCGGGTGGGCGAAGCGTGGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTGGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCa < 2:2083987/277‑1 (MQ=255) tgatgaTTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACg > 1:522868/1‑288 (MQ=255) atgatTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCCAGCAGAAGCTGGATGAGGCGGTATATTACGgc > 2:1636709/1‑288 (MQ=255) tgatTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGgcg < 1:1385523/288‑1 (MQ=255) gTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCgg < 1:60500/280‑1 (MQ=255) 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TACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAG > CP042583/480756‑481315 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |