Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 481,181 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 481,181 | 0 | A | T | 99.6% | 614.4 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 481,182 | 0 | G | C | 100.0% | 615.6 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (128/130); total (128/130) | |||||||||||
* | CP042583 | 481,183 | 0 | T | A | 99.2% | 615.1 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (126/130); minor base C (2/0); total (128/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
CTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTGTGT‑CTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTG‑CCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGAGTACCGTAAGCGAAGATACTGCGAGCAATCAAGAGCCG > CP042583/480901‑481461 ||| tGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTTCAGAGGTGATGAg < 1:622294/289‑1 (MQ=255) 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CTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTGTGT‑CTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTG‑CCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGAGTACCGTAAGCGAAGATACTGCGAGCAATCAAGAGCCG > CP042583/480901‑481461 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |