Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 934,906 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 934,906 | 0 | A | T | 99.7% | 726.0 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 934,907 | 0 | G | C | 100.0% | 716.3 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (154/148); total (154/148) | |||||||||||
* | CP042583 | 934,908 | 0 | T | A | 99.7% | 721.0 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (153/148); total (154/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTG‑GGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGG > CP042583/934627‑935186 ||| ggTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGTACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTaa > 1:1170304/1‑289 (MQ=255) tACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGGGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGtt > 2:402672/1‑289 (MQ=255) ttCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGcc > 1:1107754/1‑289 (MQ=255) ggcccgtgaTTCTGTGGCGTTTTATGGCTGCGGATTCTCCCCACAGCATTGTCCCTGCGCGTCGTAGTAGGATGACCTGGATGGTTCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCGTCTTTGGTATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAgctgc < 2:1583590/280‑1 (MQ=255) 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tctcACCGCGGCATTGTCCATGCGCTTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACa < 2:685641/289‑1 (MQ=255) aGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGGAATTTCAACCATACGTTGGCAGTTGCTGGTGTGCTCCTGTGTGATTACCGGAGAGTTTTTCaaatggtt > 2:176595/1‑282 (MQ=255) aTTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGttt < 1:1158403/285‑1 (MQ=255) 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tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTTATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGGTTGCGCCGGTGCGATTAACGAAGCTTTGTCCAAAGGGTTTTCGCGTAAACATcccag > 2:1048766/1‑288 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATgccag > 1:18313/1‑288 (MQ=255) aTTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTTGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGa < 2:523731/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |