Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 935,365 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 935,365 | 0 | A | T | 99.3% | 648.4 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 935,366 | 0 | G | C | 99.6% | 647.6 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (142/132); total (143/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 935,367 | 0 | C | G | 99.6% | 659.2 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/131); minor base T (0/1); total (143/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGAT > CP042583/935093‑935639 ||| gTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCa < 1:622061/288‑1 (MQ=255) gggCAGGTTTTGGCGGGGGGGTTGGTGCAGTGGTGATGTTCTCGGTGATGTGGGCACGCATGACTGGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAgg < 2:1524585/288‑1 (MQ=255) ggCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCCGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGGCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATTCGCACTCTCATTCGGCTCCGCCGGCACGGGTGCAGGaa > 2:312187/1‑289 (MQ=255) ggCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGT‑ACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGaaa > 2:342119/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |