| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 943,044 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 943,044 | 0 | A | T | 100.0% | 561.0 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 943,045 | 0 | G | C | 100.0% | 551.8 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (133/101); total (133/101) | |||||||||||
| * | CP042583 | 943,046 | 0 | C | G | 99.6% | 548.5 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (133/100); minor base T (0/1); total (133/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
AGGTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCAGCGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTTAAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTAGCCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCAGGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCATGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTG‑CGCGCTTTTCTTTCTGAGCGAGGGATGCCATTAGCGGATACGC > CP042583/942770‑943323 ||| ggTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCTCGGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTTAAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTTCGCTCTATTACCGc < 1:1850930/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |