Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 945,298 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 945,298 | 0 | A | T | 100.0% | 584.7 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 945,299 | 0 | C | G | 99.6% | 573.4 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (117/124); minor base A (1/0); total (119/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,300 | 0 | T | A | 99.6% | 574.9 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (118/124); minor base C (1/0); total (119/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACCAAAGTTTGGATTACGGAACTGGAAAGTCATGGTTCCAGCCCAACTTAATGGGCTAATAAGCATGAGTAGAACTACTGCATGTTTGACACGCATTGCAGCCTCCGAACAATTTTTTATTTAGAATTCATCATGCGCCAAATCGCCCGTACTTAATAACGCCTGATTTATCTGGCGAC > CP042583/945018‑945578 ||| tGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCa > 2:307629/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |