Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 482,320 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 482,320 | 0 | A | T | 99.6% | 618.1 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 482,321 | 0 | G | C | 100.0% | 611.8 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (129/129); total (129/129) | |||||||||||
* | CP042583 | 482,322 | 0 | C | G | 100.0% | 610.6 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (129/129); total (129/129) |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GCCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTAGTCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGAT > CP042583/482051‑482597 ||| cgcTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAg < 2:240309/287‑1 (MQ=255) gttGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGc < 1:1641766/287‑1 (MQ=255) atgttgtttCTACTTTGTCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGTAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAGAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTAc < 2:1803928/282‑1 (MQ=255) ttCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACa < 2:541704/289‑1 (MQ=255) ttCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACa > 1:2115026/1‑289 (MQ=255) tcCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGcc > 1:1459505/1‑289 (MQ=255) cTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCga > 2:1871665/1‑288 (MQ=255) 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cggcggTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCAt > 1:968805/1‑288 (MQ=255) cTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATACCAGCgggg > 2:25908/1‑262 (MQ=255) tGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTgg < 1:26590/289‑1 (MQ=255) 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< 2:3928/209‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCttt > 1:884618/1‑209 (MQ=255) ccTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCttt > 1:3928/1‑209 (MQ=255) ccTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGTTGATGCTTTCCGGa > 1:1900429/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |