Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 947,442 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 947,442 | 0 | A | T | 99.6% | 612.2 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 947,443 | 0 | G | C | 99.6% | 604.4 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (120/134); total (122/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 947,444 | 0 | T | A | 100.0% | 619.1 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (122/134); total (122/134) |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATAGTGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTAGTTTTAATCAGGCAGCCATAA‑TTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCAGTAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTA‑TTAGCCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACG > CP042583/947164‑947720 ||| aaaaaGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAAt > 2:1864907/1‑287 (MQ=255) 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ttGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAA‑TTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGTTCAGGCGGGCAGTGCCAACGAAGCCAGTA‑TTTCGCACGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAATAAAGCCAATATTACACAGTAGGGTCCTccacaa > 1:1317699/1‑283 (MQ=255) ||| AAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATAGTGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTAGTTTTAATCAGGCAGCCATAA‑TTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCAGTAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTA‑TTAGCCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACG > CP042583/947164‑947720 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |