Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 947,511 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 947,511 | 0 | A | T | 98.9% | 628.2 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 947,512 | 0 | G | C | 99.6% | 633.6 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/127); minor base T (1/0); total (141/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 947,513 | 0 | T | A | 99.6% | 647.8 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/128); minor base C (1/0); total (141/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATAGTGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTAGTTTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCAGTAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTAGCCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACGGCAATTGTAGTGCAGAGACAGAGCCAAATGGCTATTCGCGTGACACAACGTTAATTTCCATTCGACTTTTAA > CP042583/947235‑947792 ||| gTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTTTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTACTAATAGTGCTCAGTTACGGCAGTGAGGCCTAAAACTTTTGCCGGTTGTTGCGCaagaa > 2:1394868/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |