Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (99/109); total (99/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 951,898 | 0 | T | A | 99.5% | 499.9 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (98/111); total (99/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
AAAGCCAGTGCGCCGAGGATAAAGAACGGCAAATAAAACAGCGTTTGCATGACAATAAAATTGAA‑CATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACGCTTAGTTTTACCATGCTGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAA > CP042583/951618‑952174 ||| gcgcataagctAAATAACCGCAAATAACACAGGATTTGCATGACAAAAAAATTTAACCATG‑CATTACTCAGAATGTGCGTTTACACAATAACAATCGTTCTTTTTGTTGCCGCATAACCGAGGCCGAGGCATAAAAAAATCGCCGATAGTGTTACCATCGAGAATTTTTTATTCGTTGTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATAACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGGGTGATATTAATTCCCATGCCa < 2:919415/279‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |