| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 951,938 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 951,938 | 0 | A | T | 99.5% | 508.2 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 951,939 | 0 | C | G | 100.0% | 506.3 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (106/107); total (106/107) | |||||||||||
| * | CP042583 | 951,940 | 0 | T | A | 99.1% | 510.7 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (106/105); minor base C (0/2); total (106/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TTTGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACGCTTAGTTTTACCATGCTGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAG > CP042583/951661‑952217 ||| tttGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACCGATAGTTTTACCATCGAGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGTGATATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCAg > 1:1376143/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |