Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 952,175 | 6 bp→TGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 952,175 | 0 | A | T | 99.6% | 635.5 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,176 | 0 | C | G | 99.2% | 623.5 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (126/134); minor base T (0/2); total (126/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,177 | 0 | T | A | 100.0% | 628.4 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (126/137); total (126/137) | |||||||||||
* | CP042583 | 952,178 | 0 | A | T | 99.6% | 625.9 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (126/136); total (126/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,179 | 0 | C | G | 100.0% | 628.8 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (126/137); total (126/137) | |||||||||||
* | CP042583 | 952,180 | 0 | T | A | 100.0% | 632.9 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (126/137); total (126/137) |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAAC > CP042583/951907‑952449 |||||| ggCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGAGATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAGGGGTCAGCCACAGTGATGATTCGGCGCTATTCACAtc > 2:1028632/1‑287 (MQ=255) 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tataTTTGTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGgc > 1:148840/1‑288 (MQ=255) tttGTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATATCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGgctcgaa < 1:404288/289‑5 (MQ=255) gTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGgctcgaatag > 1:1129933/1‑282 (MQ=255) 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CCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAAC > CP042583/951907‑952449 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |