Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 952,211 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 952,211 | 0 | G | C | 99.6% | 590.3 / ‑5.9 | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,212 | 0 | C | G | 99.6% | 583.4 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (120/127); total (121/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,213 | 0 | T | A | 99.6% | 590.4 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/126); minor base G (0/1); total (121/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
ACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATT‑AAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAACCAGAATGGAAGCGTCTGTAAGACGGTTGATAAATAAATTT > CP042583/951934‑952489 ||| acaatgacAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATT‑AAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTaa > 1:1505832/8‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |