| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,036,025 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,036,025 | 0 | A | T | 100.0% | 441.8 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,036,026 | 0 | C | G | 99.5% | 437.6 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (87/97); minor base A (0/1); total (87/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,036,027 | 0 | T | A | 99.5% | 441.7 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (87/97); minor base G (0/1); total (87/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
ACGCCAGCAGTTTCCCGGAAGCGTTGTTGAAACTTTGACTGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAA‑‑ATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACAC‑‑CACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGACTATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGCCAGGGGATGACCTGATCGAGATATTTATTATAAAGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTAT > CP042583/1035739‑1036305 ||| aCGCCAGCAGTTTCCCGGAAGCGTTGTTGAAACTTTGTGAGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAA‑‑ATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACAC‑‑CACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGaga > 2:1978690/1‑287 (MQ=255) 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agGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAA‑‑ATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACAC‑‑CACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGt < 1:1541393/287‑1 (MQ=255) ggATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAA‑‑ATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACAC‑‑CACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCaa > 2:422521/1‑281 (MQ=255) ggATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAA‑‑ATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACAC‑‑CACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCaa < 1:422521/281‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |