Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,169 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 484,169 | 0 | A | T | 99.7% | 739.1 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (148/159); total (148/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,170 | 0 | C | G | 99.4% | 724.2 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/160); minor base T (2/0); total (148/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,171 | 0 | T | A | 99.7% | 732.6 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (147/160); minor base C (1/0); total (148/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
GGCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACGCCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTG > CP042583/483884‑484448 ||| ggCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGCTTGTCCACGCCCCCCTTCCGACTGCCCTTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTACGGACTAATTTCTTTGGTCTCCGGTCCAACCGCTGCTTGACCTTTTTAGTCGTACTTCTTCGGCTTCTCCTGCCCGTACCAGGGTAAGGTCGTTTGCATCGTCAAATCTCCCCGTGCCTTCCTGCCCCGCGTatgg > 2:241282/1‑286 (MQ=255) 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GGCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACGCCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTG > CP042583/483884‑484448 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |