| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,040,844 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,040,844 | 0 | A | T | 99.3% | 688.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,040,845 | 0 | G | C | 99.7% | 687.9 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/143); minor base T (1/0); total (148/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,040,846 | 0 | T | A | 99.7% | 687.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (147/142); minor base G (0/1); total (148/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTAC > CP042583/1040564‑1041121 ||| aGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGaattaatt > 1:610189/1‑289 (MQ=255) aaCGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGt < 1:926982/289‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGt < 1:1364204/289‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGt < 1:1909582/289‑1 (MQ=255) 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cAAGTTTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTg < 1:48947/288‑1 (MQ=255) cAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGGGCTGCGGGAAATGAAGCCTTCTTCCCTTTTTCTTCTTTTTGTTTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCGCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTGATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCGGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTg < 2:1411885/288‑1 (MQ=255) cAAGTATTGTTAGTAAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTg < 2:515657/288‑1 (MQ=255) aGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAg > 2:120231/1‑289 (MQ=255) tCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCg > 1:1473289/1‑288 (MQ=255) cAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCg > 2:524413/1‑287 (MQ=255) 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tttttCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTGGGACCGCAGAACGGGAACTGTCAGAATTAATAGGGGTAACGCGTACGACGTTAGGTGAAGTGTTACAGGTTCTGGCACGAGCTGGTTGGTTGACCATTCAACATTGCaa > 2:1230727/1‑288 (MQ=255) tttCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGtactac < 1:519653/226‑1 (MQ=255) tcttTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCcgacga < 1:207806/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |