| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,045,571 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,045,571 | 0 | A | T | 97.1% | 476.8 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (106/98); minor base C (6/0); total (116/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,045,572 | 0 | G | C | 99.1% | 490.3 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (115/97); total (116/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,045,573 | 0 | C | G | 99.5% | 501.4 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (114/99); total (116/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCC > CP042583/1045292‑1045846 ||| cGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGata > 1:57814/1‑289 (MQ=255) ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAATAGCGGGCGCGCGTGTGGGCTACGTCGGTCGCTATACTGCGCGCGGTGAACAGCGAATCGGGATTGTCGCCGCAGGCTACGCCGGCGGTTATCCGCGCCACGCCCCTACCGGTACCGCTGTCTTAGTGTGC‑GGCGTGCGCTCCATGACGGTGGGGCCCTTCGCTATAGATATGcgc > 2:2116373/1‑286 (MQ=255) ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGCGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCCCGCGCCTACCGGCACCCCTGTTTTCGTTGAC‑CGCGTGGGCACCATGACGGTTGGGACCGTCGTGATGGCTATGCTa > 2:1931538/1‑288 (MQ=255) ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTa > 1:758991/1‑288 (MQ=255) ggCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCCCGATGGATATGCTAg > 1:1973243/1‑289 (MQ=255) gTATGGCTCGTGGCCGGCCGGTCGGTGGCTGGTTATCGACAATACCGGGTTAGGTCCGGTGATGACGCTAGGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTa < 2:1608593/289‑1 (MQ=255) attgcgcttcgccGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGACGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAAc < 1:671183/278‑1 (MQ=255) 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cctgTCCGTGGCGGGAAATCTCCATTACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAGGAAGTTGGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGTGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAgg < 2:415949/285‑1 (MQ=255) gTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCCCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCCGGGTACGCCCCCGGTTATCCCCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTCTTTGTGGAC‑TGCGTGCGCCCCCTGACGGTGGGGACCGTCCCCATGGACACTGTACGGGTCGATCTAACTGCGTGcccctgactggctgtc > 2:2024135/1‑276 (MQ=255) tGGCGTGATATCGCCAATGCCGGATTACGTCGGGGGATGACGCTAAGCGGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAGGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTAtt < 2:374638/288‑1 (MQ=255) tGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑c < 1:562064/288‑1 (MQ=255) gggtatCGCAAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGTGATTATGGGTGTCCAGACGCGAAAAGCGGGCGAGCGGGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACGGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑c < 2:1455623/285‑1 (MQ=255) ggCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGTTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGtt < 1:474495/288‑1 (MQ=255) 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tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTcgcc > 1:2230669/1‑289 (MQ=255) tGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCCCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCTGTACCCCTGTTTTCGTGGAC‑GGCGTGCGCCCCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCGAGAGGTCGATTTAACTCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTT‑GTGCAAGGGGAATCAAATTGTAGATGTtgc > 2:1318678/1‑288 (MQ=255) gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGC‑GTGTGGGCAAGGCGATCAAAATTGATTATGTcgcc > 2:1132668/1‑288 (MQ=255) 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cGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGcc < 1:2095692/289‑1 (MQ=255) ggTGGGGACCGTTTCGTTGGGTATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGcc < 2:397918/288‑1 (MQ=255) ||| CGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGAC‑GGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTA‑CGCCGGTTGAGCTGTG‑GGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCT‑GCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCA‑ACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCC > CP042583/1045292‑1045846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |