| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 484,781 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (173/145); minor base T (1/0); total (174/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,783 | 0 | T | A | 99.7% | 751.8 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (173/144); total (174/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGT > CP042583/484503‑485062 ||| tGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATAGAAACGCAGCACCGGCGTTACCATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCttc > 2:954148/1‑287 (MQ=255) 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aaTTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACgcgagtta < 2:621288/289‑8 (MQ=255) aTTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACgcgagttac < 1:761219/289‑9 (MQ=255) tCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACggg < 1:1047954/289‑1 (MQ=255) ||| CCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGT > CP042583/484503‑485062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |