| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 485,258 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 485,258 | 0 | G | C | 99.3% | 646.9 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (144/132); total (145/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,259 | 0 | C | G | 99.6% | 641.1 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (144/131); total (145/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,260 | 0 | T | A | 99.3% | 645.2 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (143/133); total (145/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGC‑TGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGCC > CP042583/484978‑485533 ||| cgacgaAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATgg < 1:408050/289‑1 (MQ=255) ttccGTGAAGTTTCCCTTCGTTCCCGCCCCCCGACCCTTCGGGGATACGCGAGTTACGGTTGTGTTCGACCTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGcaccac < 2:1903618/286‑1 (MQ=255) ttCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 1:1832246/289‑1 (MQ=255) ttCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 1:1470567/289‑1 (MQ=255) tcaccTTCTGTACCGCCCGCCAGACCGTTAGGAATGTGGGGGTTAGTGTTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCCGTCTCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑GGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAatat < 2:1808021/286‑1 (MQ=255) cccTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCt < 1:1801227/289‑1 (MQ=255) cTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCttt < 1:216446/289‑1 (MQ=255) 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ccGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATCCAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAACTCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCg > 1:1875771/1‑287 (MQ=255) ccGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCgg > 2:1468294/1‑288 (MQ=255) atacgcgagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTa < 1:2104287/281‑1 (MQ=255) atacgcgagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCAACGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGTTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTa < 1:477809/281‑1 (MQ=255) cgcgagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAAcg < 1:312977/284‑1 (MQ=255) cgcgagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAAcg > 1:36387/6‑289 (MQ=255) gcgagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAAcg > 1:1647603/5‑288 (MQ=255) gagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAAcgtc < 1:1943813/286‑1 (MQ=255) cGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCAt < 1:1022516/289‑1 (MQ=255) ttCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCg > 1:1172675/1‑289 (MQ=255) tCGTACTGCGCCCGTTGGATGGTAGTCGCGCCGTTATCCCATCCACGGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGGCGGTTGGTTTCCTCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCgg < 2:609650/289‑1 (MQ=255) tCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTTTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCgg < 2:1085029/289‑1 (MQ=255) 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aCCTGCTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAg < 1:1049105/289‑1 (MQ=255) cTTCCAGTTC‑CAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTCCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTACCAGGAGcc > 1:2064785/1‑289 (MQ=255) ttccagttc‑cagCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTcc > 2:796084/1‑247 (MQ=255) ccagttc‑cagCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGt > 2:2225851/1‑222 (MQ=255) ||| TATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGC‑TGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTC‑CAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGCC > CP042583/484978‑485533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |