| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,456,382 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,456,382 | 0 | A | T | 99.7% | 691.9 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (124/166); total (125/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,456,383 | 0 | G | C | 99.3% | 691.4 / ‑2.4 | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/167); minor base A (2/0); total (125/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,456,384 | 0 | T | A | 100.0% | 703.5 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (125/167); total (125/167) | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAAAGTTTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGTCACTGAATGCGTGTATAACCCGCATATGACGAAGTTATTGCAGCAGGCGCAACAAGCTGGTTGCAAAACGATTGATGGATACGGCATGTTGTTGTGGCAAGGGGCTGAACAGTTCACATTATGGACTGGCAAAGATTTCCCTCTGGAATATGTTAAACAGGTCATGGGGTTCGGTGCCTGACAGGCTGACCGCGTGCAGAAAGGGTAAAAAATGAAAACCGTAACTGTAAAAGATCT > CP042583/1456104‑1456662 ||| tCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATCATTGGTTaa < 2:1361733/289‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |