Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,463,835 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,463,835 | 0 | A | T | 99.2% | 610.9 / NA | 259 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,463,836 | 0 | G | C | 99.2% | 598.7 / NA | 259 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (122/133); total (124/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,463,837 | 0 | C | G | 98.8% | 595.2 / NA | 259 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (122/134); total (124/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACAGCATGCTTGGCCGCAGCCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTGGGGCTGGTTTGTGGATTGGGTGATATCGCCCATGCGCAAAAAAGCGTGCCGCAAATGCTGGAAGATT > CP042583/1463560‑1464117 ||| tCACACGCGCGAAAATCTCCTTCTGAACCGAGCAAAGCGCAGTTACCCTGTTTTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGTAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCg < 2:702196/289‑1 (MQ=255) ccTTCTTACCCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTcc < 1:1377363/289‑1 (MQ=255) ccTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTGGGCCGCCCGCTGGGAATGGTTc > 1:1778967/1‑288 (MQ=255) ttcttAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTccc > 1:23690/1‑288 (MQ=255) cttAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCt > 2:2071149/1‑289 (MQ=255) aagaaGCTCCGTTCCCCGCTATTTTCACCGCGGTGAGCCAGATGTTCCGGCAGACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCATTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCg < 2:475522/286‑1 (MQ=255) aaaGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCg < 2:1736114/287‑1 (MQ=255) aaaGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGca < 2:853932/289‑1 (MQ=255) aGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCCGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGGGGTTAATCTGGCGGATGGCGTTAACTTGGTGCTGGGCCGCTCGCTGGGACTGGTTGCCGCCTCTGACTCGcac > 2:1161688/1‑287 (MQ=255) gTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACg < 1:1279379/289‑1 (MQ=255) 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ttAACTGCGGGCTTGGCCGCTCGCGGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTGGGGCTGGTTTGTGGATTGGGTGATATCGCCCATGCGCAAAAAAGCGTGCCGCAAATGCTGGAAGAtt < 2:665557/288‑1 (MQ=255) ||| TCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCT‑GGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACAGCATGCTTGGCCGCAGCCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTGGGGCTGGTTTGTGGATTGGGTGATATCGCCCATGCGCAAAAAAGCGTGCCGCAAATGCTGGAAGATT > CP042583/1463560‑1464117 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |