| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,465,054 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,465,054 | 0 | A | T | 100.0% | 584.6 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (116/128); total (116/128) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,465,055 | 0 | G | C | 99.6% | 574.3 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (116/127); total (116/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,465,056 | 0 | C | G | 99.6% | 569.8 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (115/128); total (116/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ATAAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTC > CP042583/1464780‑1465335 ||| taAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCACGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGAtt > 2:1914188/1‑286 (MQ=255) 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attcattTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCGACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTCTGGGGCGATGCGTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGAACGCTCGTTCGAt > 1:918725/1‑289 (MQ=255) attcattTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTAGGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCCCCAGTGCGAt > 2:914123/1‑289 (MQ=255) ccgGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGcc > 1:1990630/1‑289 (MQ=255) 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aCCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTg < 2:615101/288‑1 (MQ=255) cTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCat < 2:420253/289‑2 (MQ=255) ttCGGGTGCTGTGCGGTAAAACTATTTTCGAACATGGTCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATGTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCatcg < 2:1949245/288‑4 (MQ=255) 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ATAAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTC > CP042583/1464780‑1465335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |