Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,471,013 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,471,013 | 0 | A | T | 99.5% | 505.4 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/101); minor base C (1/0); total (115/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,471,014 | 0 | G | C | 99.5% | 500.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (113/100); total (115/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,471,015 | 0 | C | G | 99.5% | 507.4 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (114/101); total (115/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTAGCGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCAGCCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAAAGTT > CP042583/1470737‑1471292 ||| gTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGACCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 1:932468/1‑289 (MQ=255) tCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGt < 1:1680883/289‑1 (MQ=255) tCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGt < 1:502708/289‑1 (MQ=255) tCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 1:2156278/288‑1 (MQ=255) tCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATg > 1:982685/1‑289 (MQ=255) gAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCCCCAGCCATAGGTTCCCCCCCCCCGACAAAAATGGACAGATGACCa > 2:2051570/1‑289 (MQ=255) gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc > 1:1373316/1‑289 (MQ=255) gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTAATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCTCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAATACCATccaac > 2:1580021/1‑285 (MQ=255) gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAAGGGGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGAACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTAt < 2:780194/288‑1 (MQ=255) cAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt > 2:414244/1‑273 (MQ=255) tAAAGGAGCTGGGCGACCCAACCGCGCCCGAGTTGCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCGGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTACGGGAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATgg < 2:108798/289‑1 (MQ=255) aggcgCTGGGCTGCCAAACCCCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCca < 2:172258/285‑1 (MQ=255) aTGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCca < 1:2051570/289‑1 (MQ=255) aTGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCca < 1:1674283/289‑1 (MQ=255) gAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcaca < 1:1049953/289‑1 (MQ=255) ggCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGcc > 1:1130441/1‑280 (MQ=255) ggCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta > 1:1456500/1‑289 (MQ=255) cccAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGt > 1:1974912/1‑289 (MQ=255) aCCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCaaaa > 1:106496/1‑289 (MQ=255) cTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCTGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGC‑‑AAAACCGAATTAt < 1:1731265/289‑1 (MQ=255) tGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc < 2:676076/222‑1 (MQ=255) tGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc > 1:676076/1‑222 (MQ=255) aCCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCgatg > 1:745119/1‑289 (MQ=255) ggTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTgg > 1:178787/1‑257 (MQ=255) gTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt > 1:1286627/1‑205 (MQ=255) tCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCGCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTAGCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTAGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCCATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAGCATCCCAATGacat > 2:2026570/1‑288 (MQ=255) aGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATcg > 1:296423/1‑288 (MQ=255) tttATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGAACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATcgccg < 1:48755/289‑1 (MQ=255) ttATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATcgccg < 1:1411051/288‑1 (MQ=255) tATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCa < 1:1490540/289‑1 (MQ=255) tATTGCGGATTTCAGCAGTTGGGGCGAGGTTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CTGGAAATGGCTTCGGCACTCTCCGGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGAATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAGAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCa < 2:517601/289‑1 (MQ=255) 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GTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAC‑CGCGAAATGGCTAGCGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCAGCCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAAAGTT > CP042583/1470737‑1471292 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |