Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,473,570 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,473,570 | 0 | G | C | 100.0% | 570.7 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (117/123); total (117/123) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,571 | 0 | C | G | 99.6% | 562.9 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (117/122); minor base T (0/1); total (117/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,572 | 0 | T | A | 99.6% | 563.0 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (116/123); total (117/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TGGGAACGGCAGGCCACAGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAA > CP042583/1473290‑1473850 ||| gCCACAGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACcgcg > 2:1454773/1‑289 (MQ=255) tCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAACTTACCTACCACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCCAGATTATCttt > 2:805658/1‑288 (MQ=255) tCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCttt > 1:1035283/1‑288 (MQ=255) tCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCttt > 2:2133556/1‑288 (MQ=255) cTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCt < 1:1780187/289‑1 (MQ=255) gggCATGGAAATCAAAAGGGGTAATATGTGTCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGAGGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCAt < 2:788213/286‑1 (MQ=255) gCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCAtt < 1:1430426/287‑1 (MQ=255) 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cATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTgag > 1:1193438/1‑289 (MQ=255) cATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTgag > 2:1355199/1‑289 (MQ=255) cATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTgag > 1:475932/1‑289 (MQ=255) 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tGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGAt < 1:1567113/289‑1 (MQ=255) tGGAAATCGAAGGGGGTAAGCTGTGCCAATATTTATGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGAt < 1:999997/289‑1 (MQ=255) gggTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATtct < 1:1355199/288‑1 (MQ=255) aaTCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTa < 2:960518/289‑1 (MQ=255) tgCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAAc > 2:494365/1‑289 (MQ=255) ggCCAAGATTGCTGACGGCTCAAGGCCTCCCGCAATGATGCAAATGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGGGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTGTTATCCAGCATGACGCGGGTGATAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTGCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCAGTAATCaa < 2:1658895/287‑1 (MQ=255) atatTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTc > 2:1293421/1‑289 (MQ=255) gCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACg < 2:475932/289‑1 (MQ=255) cGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGa < 1:711920/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |