Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,473,786 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,473,786 | 0 | A | T | 100.0% | 731.6 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,473,787 | 0 | C | G | 99.7% | 726.6 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (162/140); minor base T (0/1); total (162/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,788 | 0 | T | A | 100.0% | 729.6 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (162/141); total (162/141) |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAGACATAACAATTACAGAAGGAGTAACTTTCATTTGT > CP042583/1473513‑1474067 ||| cGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCaa > 1:1195414/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |