| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,494,928 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,494,928 | 0 | A | T | 100.0% | 285.3 / NA | 119 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (64/55); total (64/55) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,929 | 0 | C | G | 99.2% | 279.2 / NA | 119 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (64/54); minor base T (0/1); total (64/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,930 | 0 | T | A | 100.0% | 284.6 / NA | 119 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (64/55); total (64/55) | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TCATAGTATATAGTCCTTAAATAGTGAATAACCAACCTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTACTGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTACTTTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTACTTATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACATCTCCCGCCTCATATTGTTAACAAAATTATTATCTCATTTAAATCTAAGTCATTTACAATATAAGTTTAAGAGCGACGCCACAGGATGAACTATCAAAAATAGCTCATCATGATTAGCAAAACTTA > CP042583/1494653‑1495208 ||| tataGTCCTTAAATAGTGAATAACCAACCTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAg > 2:765708/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |