| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 489,266 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 489,266 | 0 | A | T | 99.0% | 700.4 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/160); minor base C (3/0); total (141/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,267 | 0 | G | C | 99.3% | 707.9 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (140/159); total (141/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,268 | 0 | C | G | 99.7% | 710.6 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (140/160); total (141/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGC > CP042583/488986‑489547 ||| aTCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGACACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGa < 1:326778/288‑1 (MQ=255) gcTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCa < 1:404958/289‑1 (MQ=255) tgttgtGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCttttt < 1:2004788/277‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCa < 1:123907/289‑1 (MQ=255) cggcgATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCg > 1:1482258/1‑289 (MQ=255) ggcgATGTCGATATTATGCTTCCAGTTGAGGATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACTAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGa < 1:1722811/289‑1 (MQ=255) gcgATGTAGATATTATGCGGCCAGGTGATTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCAAGCAGTATGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGACCCGGTGGCAGAACCAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGTCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGa < 2:1598493/288‑1 (MQ=255) cgATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACCGCGTGGGGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCGTTTTGACCCTGGCa > 2:2004788/1‑277 (MQ=255) cgATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATa > 1:1139946/1‑289 (MQ=255) aTGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTTACCCTGGCCCTCCATGCGa > 2:1221053/1‑285 (MQ=255) aTGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCCCGGTCTTTTTTACCCTGGCCCCCCATGCGaccgt > 2:1262800/1‑285 (MQ=255) gTCGATAGTATGCTGCCAGTTGAGTATGCGCAGCTGGCGCGGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGtt < 1:600422/288‑1 (MQ=255) atGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCAATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAg < 1:1211371/289‑1 (MQ=255) gctgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACTCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCg > 1:448829/1‑289 (MQ=255) gctgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCCCTCCATGCGATAGGTGAAGCTGGAGCg > 1:1268328/1‑289 (MQ=255) gctgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCa < 2:886416/267‑1 (MQ=255) gctgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCg > 2:1015027/1‑289 (MQ=255) tgcCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGc < 1:1262800/289‑1 (MQ=255) gcCAGGGGGGTATGGCCAGGTGGGGGAGGGCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCGGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAATCACCGGATGCTCCGGCGCTGGCGGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAAGGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGc < 2:1183216/288‑1 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGAc < 1:1797992/251‑1 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGt < 1:729749/272‑1 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGt > 2:729749/1‑272 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCgg > 2:1473466/1‑286 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCgg > 1:1057994/1‑286 (MQ=255) gggggTATGCGCAGCTGGGGCAGCTCAAGGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGc < 2:1504387/284‑1 (MQ=255) tGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGc < 1:373046/287‑1 (MQ=255) tATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCg > 2:1401569/1‑288 (MQ=255) gcAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGCCACTACATCGCTCGGTCTTGTTGACCCTGGCACTTCATGTGATCGTGTACGCCGGAGCTGCCTGGCGACCGCTGGAt > 2:375878/1‑289 (MQ=255) 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CGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGC > CP042583/488986‑489547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |