Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,503,328 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,503,328 | 0 | G | C | 100.0% | 688.7 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,503,329 | 0 | C | G | 99.7% | 683.8 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (158/130); minor base T (1/0); total (159/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,503,330 | 0 | T | A | 100.0% | 691.1 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (159/130); total (159/130) |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGGCTGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGAACTTCATATTTTTCTGCCTGTGCGCGCATTTTACTTACCAGTAAAGAGGTAGACATGCCCGCAGAACAAAACAGATAAATGTGTTTCTTTTCCATAAAACTGCCCTCATCGACGATTATCTGTCAGCCAGA > CP042583/1503050‑1503606 ||| aaCGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTGTCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCAACCCTAAACCATCGACTTTGCAATAAAGCAGCGAGTCACTTACt > 2:618274/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |