| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,504,040 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,504,040 | 0 | G | C | 99.4% | 747.5 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,504,041 | 0 | C | G | 99.4% | 747.6 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (145/169); minor base T (1/1); total (146/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,504,042 | 0 | T | A | 99.7% | 758.1 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/170); minor base C (1/0); total (146/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGAGCTAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGTGAACGAAACGGCTCCGCTTTCAGAGGATTCCTGTATGACGTTTTAA > CP042583/1503761‑1504321 ||| ctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTa > 1:1172620/1‑288 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |