| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 441,782 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 441,782 | 0 | A | T | 98.6% | 497.2 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (97/115); minor base G (3/0); total (100/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,783 | 0 | G | C | 99.5% | 498.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (99/116); minor base T (1/0); total (100/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,784 | 0 | C | G | 98.6% | 495.8 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (97/116); total (100/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGC‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTAGTCCGTTTGTTAGTTCCATTGGTTTATTAACCCAGACTGGCGATTACACGCGGCGTAGCTTTATTTATGGCAGCGTTATTTGCCTGCTGGTGGC > CP042583/441499‑442062 ||| cgcgcAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGTTGAGTTGCACTGGCAGGGGTTCTCCCTCGGCAGTGGCGGTTCTTTGTCCCCg > 2:1350287/1‑289 (MQ=255) 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cTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGAcggcg < 2:1151223/289‑1 (MQ=255) cTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGAcggcg < 1:98038/289‑1 (MQ=255) ttttCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt < 1:570561/289‑1 (MQ=255) caaGGTATGCTCGGGTTGCCGTTTGGCCTAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTCCCGCCGTCCGGGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTa < 2:1645564/288‑1 (MQ=255) acggggaTGCTCGGGCGTGCGTTGGGCATAGCCGACACGAATTTTCAAATTCGTTTACGGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTa < 2:2152889/283‑1 (MQ=255) aaaGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTa < 1:946020/289‑1 (MQ=255) 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ccgccgTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGGTGtttttt < 2:107335/289‑1 (MQ=255) ccgccgTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGtttttt < 1:1554975/289‑1 (MQ=255) gccgTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCG‑CTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAatat < 1:1578941/246‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |