| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 490,460 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 490,460 | 0 | A | T | 98.6% | 511.6 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (91/125); minor base G (1/2); total (94/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,461 | 0 | G | C | 99.1% | 511.4 / ‑6.0 | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (92/127); total (94/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,462 | 0 | C | G | 99.1% | 526.8 / ‑2.7 | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/127); minor base . (2/0); total (94/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑AGCCAAAGCGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGT‑TCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCA‑GTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCAGCAGCTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTG > CP042583/490183‑490730 ||| cGCCAGCCGCTTTATGGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAGCGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCg < 1:130847/289‑1 (MQ=255) gCTTTATTGCTGTTCCTTCTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGTGACGTTGCCCGCTGGCTGGATACCGGCTCGGTGGCGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGATGATGCTCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATAc < 1:578375/289‑1 (MQ=255) tttATTGCCGGTCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTGGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCa < 2:1059285/289‑1 (MQ=255) gtCCTTTTGCCCACGTGGACCTGATTTACCTTTCCGAGGACGTTGCCCGCTGGCTGGGTAACGGCGCGGTTGAGTACCTCGGGCGCAGTGAGAATCAGCTAATAATTCGCGGTCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGAGCGCGTGATGCAGTCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCCCGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTTATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGc < 2:1815673/287‑1 (MQ=255) aTCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGGGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTg > 2:761803/1‑272 (MQ=255) gttggCCCCAGGTGAAGGGAGGTCCCGTACCGGGGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGgcg < 2:2246886/285‑1 (MQ=255) ccccAGGGGACCGTATGTCCCGTACCGGGGACGTTGCCCGCTGGCGGGATAACGGGGGGGTGGAGTACCGCGGGCACAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCt < 2:588956/289‑1 (MQ=255) cAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCg > 1:749270/1‑289 (MQ=255) aaCGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAgcg < 1:1113701/264‑1 (MQ=255) aCGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAAc < 1:711975/288‑1 (MQ=255) 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accgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 1:1869998/289‑1 (MQ=255) accgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 1:501492/289‑1 (MQ=255) accggaccggGGCGGTGGCACGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGAAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCCCGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 2:1246795/289‑1 (MQ=255) 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ccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACatat > 1:1106837/1‑289 (MQ=255) ccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACatat > 1:886963/1‑289 (MQ=255) ccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACatat > 1:2165264/1‑289 (MQ=255) 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2:854594/102‑1 (MQ=255) gggCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGT‑TCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCG‑‑AGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCA‑GTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCTCGTCGTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTg > 2:1560711/1‑288 (MQ=255) ||| CGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑AGCCAAAGCGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGT‑TCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCA‑GTGAAACGATTATCGCCGCGGCATTCAGCAGCTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTG > CP042583/490183‑490730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |