Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,524,069 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,524,069 | 0 | A | T | 99.5% | 504.9 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (105/108); minor base C (0/1); total (105/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,524,070 | 0 | C | G | 99.5% | 500.0 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (105/108); minor base T (0/1); total (105/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,524,071 | 0 | T | A | 99.1% | 498.7 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (105/107); minor base C (0/2); total (105/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGCACATGAACATCAGGCGCTGGTCTGGTGCAGTCCTGAAGAGGCGCTGCAATATCCGCTGGCCCCTGCTGACATTCCATTATTAGAGGCGTTTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAATTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCACTCTGCCCGCCACTAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGC‑AAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTA‑TTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGATGG > CP042583/1523792‑1524349 ||| tgcctggcacgtacccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCg > 1:1593309‑M2/162‑287 (MQ=255) acgtacccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGActgcccgcctgaactg < 2:578314‑M2/135‑8 (MQ=255) gtacccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCctgaac‑tgaa < 1:152596‑M2/137‑1 (MQ=255) acccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCtgaac‑tgaac > 1:883667‑M2/151‑288 (MQ=255) cgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGcgctgactgcccgcctgaacttaaccct > 2:441672‑M2/148‑275 (MQ=255) cgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACtt < 1:1915334‑M2/142‑1 (MQ=255) ccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCg < 1:1108344‑M2/148‑1 (MQ=255) ccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCg > 1:504368‑M2/142‑289 (MQ=255) ccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCg > 2:1616846‑M2/142‑289 (MQ=255) cgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGttt > 2:2014975‑M2/134‑289 (MQ=255) ttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTa > 1:1188738‑M2/132‑288 (MQ=255) ttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTa > 2:2111463‑M2/132‑288 (MQ=255) atgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCtgaac‑tgaac < 2:1896018‑M2/138‑1 (MQ=255) atgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAA‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTcc > 1:770813‑M2/122‑289 (MQ=255) tgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCg > 2:1204444‑M2/121‑289 (MQ=255) caggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATa > 1:820198‑M2/114‑289 (MQ=255) caggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATa > 1:410652‑M2/114‑289 (MQ=255) gcggtggtctggtgctcacctgaagaggcggtgcaatttccgcttgcccctgctgacattccattattaggggcgtttatggctttacgggccggcagaacagcggattaGGGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTAAAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGGGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAAt < 2:1770248‑M2/178‑1 (MQ=255) gcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAAt < 1:1616846‑M2/178‑1 (MQ=255) gcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAAt < 2:504368‑M2/178‑1 (MQ=255) cgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAAt < 1:366047‑M2/178‑1 (MQ=255) cgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAAt < 1:107245‑M2/178‑1 (MQ=255) gctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCg > 1:112308‑M2/109‑289 (MQ=255) ggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGcc > 2:257287‑M2/101‑289 (MQ=255) gtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCa > 1:1977107‑M2/100‑289 (MQ=255) 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ggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGa < 1:257287‑M2/204‑1 (MQ=255) ggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggcgttacgcgccgcaagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGa < 1:1479425‑M2/204‑1 (MQ=255) gcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGaaa > 1:278222‑M2/84‑289 (MQ=255) 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aGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTg < 1:1010684/166‑1 (MQ=255) aGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTg > 2:1010684/1‑166 (MQ=255) aCAGGGCTGCGCTGCCGCCCCGCCTGACC‑TGAACATTTTTGGCTGTCCGTTTACCTCCACGTCCGAACGATAATGCGGGTTAGCAAGTGAAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGC‑AAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTA‑TTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCtt < 2:112308/288‑1 (MQ=255) aGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGtct < 2:1997280/158‑1 (MQ=255) aGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGG‑TAGCCCGTGCAATTTATGGAAATGCCAATACTACGGGCAAAAATTGCCGACCCAAAGGGAACTCCCTAACGGTATTGTTCCTGCTAATTGTAACGGTAAGCGGGGGGCAAAAACTTTGCCGTCTGGGTT‑TTGCATTTGGGTTTTAGGTTACTCCCGGTATTTAATTTGTTTTCTTGGTCCTTTTTTTTTTTGTTTACGTTCAc‑ttctttttg > 2:407206/1‑285 (MQ=255) ggCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTTATAACGGTAGCCGGGTGGC‑AAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTA‑TTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGATgg > 1:302904/1‑289 (MQ=255) ||| GGCACATGAACATCAGGCGCTGGTCTGGTGCAGTCCTGAAGAGGCGCTGCAATATCCGCTGGCCCCTGCTGACATTCCATTATTAGAGGCGTTTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAATTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCACTCTGCCCGCCACTAC‑TGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGC‑AAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTA‑TTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGATGG > CP042583/1523792‑1524349 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |