| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,536,209 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,536,209 | 0 | A | T | 100.0% | 511.8 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (120/92); total (120/92) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,210 | 0 | C | G | 99.1% | 493.5 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (118/91); minor base A (1/1); total (120/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,211 | 0 | T | A | 100.0% | 505.5 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (120/92); total (120/92) | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TGTTAATAACAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGACTTTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCG > CP042583/1535934‑1536489 ||| tGTTAATAACAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCCTCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCCGTGATTTATCAGtta > 2:1632627/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |