| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 491,920 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 491,920 | 0 | A | T | 100.0% | 593.7 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 491,921 | 0 | G | C | 99.6% | 590.3 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (148/98); minor base T (0/1); total (148/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,922 | 0 | T | A | 99.6% | 591.0 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/98); minor base C (0/1); total (148/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTGTGCTGGATCTGGATAT‑CAAAATTGATCGTACAGAAGCATTTAACCTGTTTATCAAGAAGTTTCAGAGCGTTAGCTTGCTGGAAGAGTACCTGCGTAGTA > CP042583/491677‑492190 ||| tatTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGTCCAAAAAAACTGTACTGGCGGTCGTTTTTGTCTTTg > 2:1516250/1‑288 (MQ=255) 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TGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTGTGCTGGATCTGGATAT‑CAAAATTGATCGTACAGAAGCATTTAACCTGTTTATCAAGAAGTTTCAGAGCGTTAGCTTGCTGGAAGAGTACCTGCGTAGTA > CP042583/491677‑492190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |