Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,549,870 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,549,870 | 0 | A | T | 99.7% | 680.9 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,549,871 | 0 | G | C | 100.0% | 685.6 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,549,872 | 0 | C | G | 99.7% | 683.5 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (141/145); total (141/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGAGATGTTTAAAGCACCGATTAAAGTGCTGCATCCCTTGTTAACCGCCACTCAGGAAGGTAACTACAACGGGACGGAAGGTATCTCCGCCCTGCCGTTCAACGGGATTATTCTCGCACACAGCAACGAGTCCGAATGGGTCACTTTCCGTAATAACAAAAACAACGAAGCCTTCCTCGATCGTGTTTACATCGTGAAGGTGCCGTATTGCTTGCGCATTTCCGAAGAGATCAAAATCTACGAGAAATTGCTTAATCACAGTGAATTGACTCACGCCCCATGCGCCCCTGGCACGCTCGAAACACTGAGTCGTTTTTCCATTCTTAGCCGCCTGAAAGAGCCAGAAAACTCCAGCATTTATAGTAAGATGCGGGTTTATGATGGCGAAAGTCTGAAAGACACC > CP042583/1549592‑1550151 ||| acagaaCGGACCCCGGCGTTGAGAACAACCAGGACAGCTCCGGGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGCCCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGAGATGTTTAAAGCACCGATTAAAGTGCTGCATCCCTTGTTAACCGCCACTCAGGAAGGTAACTACAACGGGACGGAAGGTATCTCCGCCCTGCCGTTCAACGGGATTATTCTCGCACACTCGAACGAGt < 2:2228579/284‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |