Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,552,963 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,552,963 | 0 | A | T | 100.0% | 750.2 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,552,964 | 0 | G | C | 99.7% | 740.8 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (163/148); total (163/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,965 | 0 | C | G | 99.7% | 742.1 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (162/149); total (163/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGAGCAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCAGCCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGCTGATCCCTTTTTTAGTTTTTCCCCTTCTGGCACACAATCTGAGCAGTTATAACGCTGACTATTCTTTGTATGTCGTCGATTACTGTCCGGACAACCATACTGCGACCTGGGGAATCAACTATACAAAAATATTGGTTTGTCTGTGGGCATTTTTACTGTTCTTTATTATCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCC > CP042583/1552683‑1553243 ||| tGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGgcg < 1:505686/289‑1 (MQ=255) aaCTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCtt > 2:635543/1‑289 (MQ=255) cccACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGACTGTTGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCCCTTTTGTTAt > 2:2180821/1‑289 (MQ=255) cccACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGTTAt > 1:1955948/1‑289 (MQ=255) 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tGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCt > 2:1473624/1‑289 (MQ=255) tGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTg > 1:144950/1‑288 (MQ=255) ggTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGac < 1:1744108/289‑1 (MQ=255) 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tACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGCTGATCCCTTTTTTAGTTTTTCCCCTTCTGGCACACAATCTGa > 2:305172/1‑288 (MQ=255) ttttAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGCTGATCCCTTTTTTAGTTTTTCCCCTTCTGGCACACAATCTGAGCAGTTATAAc > 1:1826370/1‑287 (MQ=255) aGCCTTGCATTTTTAAGTGTCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATCGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTGCTATTTTCTATATTTTCCGCCCACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGTCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATACTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGATGATCCCTTTTTTAGTTTGTCCCCTTCTGGCACACAATCTGAGCAGTTAAAACGCTGaat > 2:411739/1‑287 (MQ=255) 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