Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,553,482 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,553,482 | 0 | A | T | 99.3% | 709.9 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,553,483 | 0 | G | C | 100.0% | 708.6 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (163/134); total (163/134) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,553,484 | 0 | T | A | 99.0% | 707.8 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/134); minor base C (3/0); total (163/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAGA > CP042583/1553210‑1553763 ||| cgcACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCTAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTCTAACATTTTTCAGGAGCTGCTATTATCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACTAATATTTATAATCGGTGCTACTTTTTCAACAGTGTAGAGTCATTATTgtcgagacatgttg > 2:1603116/1‑276 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |