Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,555,916 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,555,916 | 0 | G | C | 99.4% | 761.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (148/174); total (149/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,917 | 0 | C | G | 99.1% | 760.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (146/175); total (149/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,918 | 0 | T | A | 99.4% | 770.9 / ‑6.1 | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/174); minor base G (1/1); total (149/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TCAACCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGGCTTATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCATTGTCACTGCGCTGGGTTCGATAAACAGAAAACAGAGTTCAGCATTAGCTGTTACTTGATTGCTATGTTCCACCCCGCCCGGTATCCAAACCGCATATTGTGGCGGCACCATCCACAAAGCATTTTCCACCGTACAGGTAATTGCACCATGTAGCGCCAGTATCAGCTGTCCTTTGCGGTGCTGATGTACAGGACTGGTTAACTCATCCGTTCCGGCGTGAATACAAAATGCGACCGCG > CP042583/1555636‑1556186 ||| caCCCCATCTCGTATACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCCTCACAAACAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa < 2:1435164/288‑1 (MQ=255) aaCCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa < 2:1812141/289‑1 (MQ=255) aaCCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa > 1:1146627/1‑289 (MQ=255) aaCCCCGACTCTTTTACTACCAGTCGGGCAAGATTGCGTTAACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa < 2:1695248/289‑1 (MQ=255) tctcTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCa > 1:1426072/1‑289 (MQ=255) aGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCa > 2:822806/1‑289 (MQ=255) aGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCa > 2:623551/1‑289 (MQ=255) aGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCa > 2:1730796/1‑289 (MQ=255) gTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCAt < 2:118719/289‑1 (MQ=255) tCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTAAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCAt < 2:1510420/288‑1 (MQ=255) cGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCAt < 1:434962/287‑1 (MQ=255) gTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCATTGTCACTGCGCTgg < 1:1755022/288‑1 (MQ=255) tCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCATTGTCACTGCGCTGGGTTCGAt < 1:217107/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |